La cinta di mura gianicolensi costituisce l’ultimo intervento di considerevole portata per la difesa di Roma, voluta da Papa Urbano VIII Barberini (1643).
Dall’aprile al giugno del 1849, il settore di mura controllato da Porta San Pancrazio fu teatro di aspri combattimenti per la strenua difesa garibaldina della Repubblica Romana di Mazzini, Saffi ed Armellini, contro le truppe francesi comandate dal Gen. Oudinot. Combatterono qui assieme a Garibaldi, Manara con i suoi bersaglieri, Dandolo, Mameli e Masina, fino alla notte tra il 29 e il 30 giugno quando la difesa cessò ed ebbe inizio l’invasione della città. Le mura, sotto il fuoco d’assedio, rovinarono in più punti ed anche la porta venne distrutta; fu ricostruita, nella forma attuale, nel 1854 su progetto di Vespignani.
All’interno di Porta San Pancrazio è ospitato il Museo della Repubblica Romana e della memoria garibaldina.